小五郎应京都寺院的邀请，前往京都调查寺内八年前佛像盗窃事件。寺院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。同时间，东京、大阪和京都发生杀人事件，三个城市的警方调查后，发现事件中的死者都是盗贼团“源氏萤”的成员，毎人都有一个代名，以《义经》内的传统人物命名。服部亦因此事，前往京都调查杀人事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。

内详

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鸣泽温人（二宫和也饰）是知名游戏公司CEO，与妻子未知留（多部未华子饰）、女儿友果（大岛美优饰）3人一起生活。有一天，结束工作回家的温人接到友果被绑架的电话，赎金要求5亿日元。警方立即成立了绑架事件的

已是江户时代后期，时有明石藩江户之家老间宫图书（内野聖陽 饰）在幕府老中土井大炊头（平幹二朗 饰）的宅前自杀，此举引起朝野震动。一切皆由明石藩主齐昭（稲垣吾郎 饰）而起。齐昭系现任将军的异母弟弟，其人

讲述在神秘的连续杀人事件、东京马拉松大赛恐怖活动、政府的罪行背后，协助特命系搭档破案的是并不起眼的鉴识警官米泽守。米泽查看马拉松大赛的监控录像时，突然在人群中发现了前妻知子的身影。几年前，知子留下离婚

　　十七世纪的日本，正处于德川幕府统治的强盛时期。时为第四代将军家纲（染谷将太 饰）当政，出身围棋世家的安井算哲（冈田准一 饰）在具有高超棋艺之余，还热衷算术和天文。在会津藩藩主保科正之（松本幸四郎

　　全3话同捆于限定版单行本第14卷～第16卷。